かつて、この地には山のように巨大な獣たちが生きていた。その骸の周りは「マナ」に溢れ、そのマナを求めた人々が集まり、いくつかの国が生まれた。いつしか人々はマナの源たるその獣たちを「源獣」と崇め、共に暮らすようになった。これが源獣信仰の始まりである。そして、時は流れ――。源獣信仰を基盤とした国々によるユール連邦と、独自技術によって飛躍的に発展を遂げたジルドラ帝国の間で戦争が勃発。以後、戦争は激化を辿っていく。連邦の若き騎士候補生レオはある任務のため、幼馴染で同じく候補生のセリア、教官のリゼットと共に、かつて帝国領だった国境付近の街、リュンヌを訪れる。しかし、そこに現れたのは祖国を裏切り、帝国の兵士となった友、ユーゴだった――。