世界中で地球人の大量消滅事件が発生──。 レナと進次郎も、同時に消失してしまう。そんな中、フリージャーナリストの東光太郎は恋人のイズミとともに「消失事件」の謎を追い始める。異星人の正体はテロ組織「暗黒の星」。彼らは世界に向けて声明を出す。「人類の半分を消滅させるか、地球の半分を割譲するか……どちらかを選べ」その頃、消えた進次郎とレナは衛星軌道の異星人の船に転送されていた。「暗黒の星」と科特隊の闘いに巻き込まれ、知りすぎた光太郎は、命を失いそうになるが……。決戦の相手は巨大兵器「黄金の城塞」。街を破壊し尽くす巨大メカを相手に、ULTRAMAN、セブン、タロウに加え、ゾフィー・ジャック・エースも参戦。ついにULTRAMAN6ヒーローが集結する！