全人類が、謎の現象により一瞬で石化して数千年――。超人的な頭脳を持つ、根っからの科学少年・千空が目覚めた。文明が滅んだ石の世界（ストーンワールド）を前に、千空は、科学の力で世界を取り戻すことを決意。新たな仲間を集め『科学王国』を作りあげる。しかし、そこへ霊長類最強の高校生・獅子王司率いる『武力帝国』が立ちはだかる。科学vs武力の戦いは、千空たちが優勢となり和解するが、司は仲間の裏切りによって深手を負ってしまう。千空たちはコールドスリープした司を救うべく、石化光線の発生源、地球の裏側・新世界を目指す！神腕船長・龍水を仲間に迎え、大海原へと飛び出した千空たち。科学船ペルセウスで向かう先は、百物語始まりの地――『宝島』だった！千空は島に眠る宝を求め、仲間と共に新たな冒険の地へと突き進む!!