時は2242年―「新月の涙」と呼ばれる未曾有の大災禍により地下深くへと逃れた人類は地下都市国家「アメイジア」の崩壊という事件を経て、再び地上で生きる希望を持ち歩みはじめていた。人々は地上の各地に「ネスト」と呼ばれる集落を形成。いまだ人類の脅威として地上にはびこる「エンダーズ」と戦い、ネストの運営に必要なエネルギー資源である「AO 結晶」を採掘する冒険者たちを、人々は「ドリフター」と呼んでいた。そんなドリフターたちが集まるネスト「ロックタウン」で、いつかドリフターになることを夢見る青年「カナタ」は、ある日凄腕のドリフター「トキオ」と一緒に探索に訪れた朽ち果てたミュージアムの中で眠る、一体の美しいメイガスを発見する。謎のメイガス「ノワール」との出会いによって、運命の物語は少しずつ動き出すことになるのであった―