「その強さがあれば、すべてを守れると思った。」軍事大国・ハイランドのユニコーン少年兵団は、兵役最後の夜に突然の夜襲により壊滅。幼なじみのリリュウとジョウイは再会を誓い、決死の覚悟で滝へ身を投じる。激流に引き裂かれ、リリュウはビクトールたち傭兵団に、ジョウイはトトの村に住むピリカ一家に救われるが、辿り着いたその場所は敵地・ジョウストン都市同盟だった。人々の温もりを感じながらも、夜襲が同盟軍の仕業だと考えた２人は急ぎ故郷キャロを目指すが、そこに待ち構えていたのは自国の兵たち。逆賊として捕らえられ、すべては自国の皇子ルカ・ブライトによる同盟軍との休戦協定破棄のきっかけを作る謀略だったと知る。処刑寸前で再びビクトールたちに救われた彼らは、行き場を失い都市同盟へ。突如始まる狂皇子ルカの進軍に抗うも、目の前で起こる非道な殺戮に、自らの無力さを思い知るリリュウたち。大切な人を守る力を願う2人の前に、運命の導き手レックナートが現れる。そして少年たちは、「紋章」の力と宿命に出会う──