謎の巨大怪物体から日本の平和と安全を守るため、新幹線超進化研究所によって開発された「新幹線変形ロボ シンカリオン」。超進化研究所は新たな敵の襲来に備え、秘密裏に新型ロボット「シンカリオンＺ」の開発を進めていた。高い適合率で「シンカリオンＺ」の運転士となった子供たちは、研究所員たちと力を合わせ、再び現れた巨大怪物体を迎え撃つ！未知なる敵の出現－。そして2人の少年の出会い－。シンカリオンの更なる進化が始まる!!!
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1話 新たなる出発進行！34500 chevron_right
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2話 Z合体！E235ヤマノテ34501 chevron_right
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3話 ぶち抜け！VVVFブラスター!!34502 chevron_right
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4話 打ち上げろ！ハナビのロックンロール!!34503 chevron_right
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5話 森を守れ！シンカリオンZ E7かがやき34504 chevron_right
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6話 振り抜け！友情のコウデンアツアックス!!34505 chevron_right
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7話 強襲！横川支部防衛戦!!34506 chevron_right
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8話 集結せよ！大宮支部再始動!!34507 chevron_right
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9話 翔けろ！シンカリオンZ 800ソニック34508 chevron_right
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10話 大空中戦！波乱のZ合体!!34509 chevron_right
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11話 初陣！シンカリオンZ N700Sのぞみ34510 chevron_right
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12話 秘技！デュアル・グランパス・システム91989 chevron_right
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13話 起てよZ合体！関ヶ原総力戦!!91990 chevron_right
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14話 斬黒！ダークシンカリオン!!91991 chevron_right
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15話 リーダーの資格！怒りのZグランクロス91992 chevron_right
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16話 可憐に降臨！シンカリオン ハローキティ91993 chevron_right
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17話 きらめく☆シンカリオンZ 500こだま91994 chevron_right
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18話 巌流島決戦！シンVSギンガ!?91995 chevron_right
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19話 輝け！オオサカカンジョウシンゴウトウ91996 chevron_right
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20話 覚醒せよ！ヤマノテエキスカリバー!!91997 chevron_right
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21話 出撃、シンカリオンZ 500 TYPE EVA91998 chevron_right
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22話 逆襲のシンカリオンZ ドクターイエロー92546 chevron_right
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23話 地下決戦！ドクターイエロー Zホセンモード92650 chevron_right
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24話 セイリュウの帰還92651 chevron_right
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25話 SHIKOKU ROCK FESTIVAL92718 chevron_right
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26話 タイジュと銀河鉄道の少女92845 chevron_right
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28話 交信せよ！シンカリオンZ H5はやぶさ93067 chevron_right
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29話 テオティ動乱！急襲、ダークシンカリオン93093 chevron_right
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31話 スクープ！アユの特ダネ最前線!!93202 chevron_right
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32話 H5ホクトVSヴァルドル 銀河の旅路93301 chevron_right
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33話 伝説の運転士！速杉ハヤト93302 chevron_right
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34話 The Galaxy Express E593336 chevron_right
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35話 トコナミの過去93350 chevron_right
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36話93399 chevron_right