渋谷事変を経て、加茂憲倫が仕組んだ呪術を与えられた者達の殺し合い「死滅回游」が、全国10の結界（コロニー）で突如開始される。虎杖は渋谷での大量殺人を引き起こしてしまった自責の念と、伏黒を狙う宿儺への警戒心から、高専には戻らず脹相と２人で、加茂憲倫が放った大量の呪霊の討伐に専念していた。そんな大混乱の最中、呪術総監部は虎杖悠仁の死刑執行猶予を取り消し、死刑執行役に特級術師・乙骨憂太を任命。乙骨は任務遂行のため、虎杖の前に立ちはだかる。「死滅回游」の泳者（プレイヤー）として新たに覚醒した現代の術師、受肉して復活した過去の術師。様々な思惑が交錯し、再び呪術全盛の世へ突き進む——。